Il protagonista della storia è un ragazzo, come si conviene a un primo livello di lettura del romanzo in chiave favolistica. Haroun Khalifa è il figlio di Rashid Khalifa, un famoso raccontastorie che perde i suoi poteri di narratore quando la moglie lo lascia per l'inquilino del piano di sopra, il signor Sengupta, un impiegato comunale che odia le storie di fantasia. Haroun e il padre salgono a bordo di un autobus guidato dal folle autista signor Butt, per arrivare nella valle di K, sulle rive del lago Dull. Qui vengono alloggiati in una casa galleggiante chiamata Arabian Nights Plus One, e durante la notte Haroun sorprende Iff, il Genio delle Acque, mentre sta staccando il rubinetto per la fornitura di Acqua di Storie di Rashid. Trasportati da un uccello meccanico, Butt l'Upupa, Haroun e Iff partono alla volta di Kahani, la seconda luna della terra, per recuperare i poteri di raccontastorie del padre. Kahani è divisa tra i territori di Gup e Chup, la prima terra della luce e della libertà di parola (in urdu gup significa "pettegolezzo"), la seconda terra dell'oscurità e del silenzio (chup in urdu). Gli abitanti di Gup e Chup sono in guerra: il Gran Sacerdote di Chup, Khattam-Shud,[1] allo scopo di imporre la propria dittatura del silenzio, ha non solo fatto avvelenare l'Oceano dei flussi delle storie ma sta cercando anche di mettere un tappo alla Sorgente o Fonte delle storie. Alla fine Haroun si ritrova in tasca una bottiglietta di Acqua dei Desideri, la beve e esprime il desiderio che il sole sorga anche su Chup e la Faccia Buia di Kahani. Il suo desiderio viene esaudito, la luce trionfa e il cattivo muore. Haroun si risveglia infine nel suo letto nella casa galleggiante, Rashid recupera il dono della parola e la madre ritorna alla famiglia. Rashid comincia a raccontare una storia, la stessa che è stata appena narrata. Oltre che come favola per bambini Haroun and the Sea of Stories può essere naturalmente letto come una metafora della condizione dell'autore dopo la fatwa emessa nei suoi confronti e, come si vedrà più avanti, come manifesto poetico sulla scrittura.