Con questo romanzo Rushdie ritorna alle ambientazioni di Midnight's Children e alla narrazione in prima persona. The Moor's Last Sigh può essere visto come una continuazione di Midnight's Children da una prospettiva diversa. La vicenda ha inizio come in quest'ultimo ai primi del secolo, ma si concentra sugli anni che seguono quelli in cui Midnight's Children si concludeva. Alla fine del romanzo, poi, l'azione si sposta in Andalusia, simbolo storico di un Islam tollerante. Il protagonista narratore è Moraes Zagoiby, la cui madre, Aurora, è discendente illegittima di Vasco de Gama e il cui padre Abraham discende dalla relazione di una donna ebrea con il "moro" Boabdil, l'ultimo sultano dell'Andalusia alla fine del XV secolo. La storia inizia da Francisco e Epifania de Gama, i bisnonni di Moraes, facoltosi mercanti di spezie di Cochino. I loro due figli, Aires e Camoens, sviluppano una personalità simile a quella di, rispettivamente, padre e madre. Come la madre Aires è anglofilo, e chiama il suo bull-dog Jawaharlal (come il nazionalista indiano Nehru), mentre Camoens è come il padre nazionalista e appassionato di arti e letteratura. Francisco si suicida, Aires la notte del matrimonio fugge vestito da donna con il suo amante, e Camoens viene imprigionato per motivi politici. Epifania decide di condurre gli affari della famiglia insieme a Carmen, moglie di Aires, ma ben presto tra le due e le rispettive parentele (i Menezes e i Lobos) si scatena una faida feroce. È infine Belle, la moglie di Camoens, a sedare la disputa. Unica erede della famiglia è Aurora, figlia di Francisco e Epifania, che si innamora di Abraham Zoboiby, il soprintendente del magazzino delle spezie, di vent'anni più anziano di lei e appartenente alla minoranza ebraica di Cochino (la madre, Flory, è la custode della sinagoga). Aurora diventa una personalità pubblica di primo piano, importante figura del movimento nazionalista e artista di successo, mentre l'abilità commerciale di Abraham fa prosperare le fortune della famiglia. I due si trasferiscono a Bombay, dove hanno tre figlie, Ini, Minnie, Mina e un figlio, Moraes, soprannominato dalla madre Moor. Come per molti dei personaggi principali di Rushdie, la nascita di Moraes è avvolta dal mistero, in quanto viene suggerito che egli potrebbe essere il frutto di una relazione di Aurora con Nehru.
Moares nasce con una mano deforme a forma di clava, che diventerà un'arma micidiale, e il suo corpo invecchia con una velocità doppia rispetto all'età. Entrambi i genitori sono assorbiti dalle proprie vite e dedicano poche attenzioni ai figli (anche se Aurora dimostra un genuino affetto per Moraes, modello preferito dei suoi quadri). Il ragazzo trascorre l'adolescenza nella casa di famiglia, Elephanta, contornato oltre che dai genitori da un gruppo di personaggi che comprende la ayah (governante) Jaya Hé; il marito di lei, Lambajan, il chowkidar (guardiano) della residenza dei Zogoiby; Vasco Miranda, uno sconosciuto pittore di Goa che viene accolto in casa da Aurora nonostante l'opposizione del marito. Mentre Aurora prosegue nella sua carriera artistica, contrassegnando le diverse fasi della vita di Moraes (e delI'India) con dipinti che lo vedono come protagonista (tra i quali il famoso "Ultimo sospiro del Moro"), Abraham Zogoiby si dedica ad accrescere le proprie fortune economiche, mischiando sempre di più affari e corruzione fino a trasformarsi in una specie di padrino, trafficante di droga e armi e coinvolto nel mondo della prostituzione e della criminalità.
L'adolescenza felice di Moraes si trasforma in un periodo dalle tinte più fosche quando il protagonista si innamora di Uma Sarasvati, donna dalla personalità folle e distruttiva. Nonostante l'ostilità della madre, che si serve del detective Dom Minto per tentare di smascherarla, Moraes cade preda delle trame di Uma. Quest'ultima fa pervenire alla madre una cassetta in cui Moraes pronuncia delle oscenità incestuose mentre fa l'amore con lei, e Aurora bandisce il figlio dalla casa e lo disereda. Solo il caso salva Moraes dalla morte, dopo che per errore Uma inghiottisce la pillola di veleno a lui destinata. In aiuto del protagonista, accusato di omicidio, giunge Lambajan, che dopo avergli fatto prendere coscienza del potere distruttivo del suo braccio, lo introduce al proprio capo, 'Mainduck' Fielding, di cui Moraes diventerà uno degli scagnozzi. Fielding è il capo del Shiv Sena, un'organizzazione nazionalista indù con ramificazioni nella criminalità organizzata. Siamo nella seconda metà degli anni '80, un periodo in cui l'India è caratterizzata da esplosioni di violenza ispirata ai diversi fondamentalismi. Nel 1987, quarantesimo anniversario dell'Indipendenza, Aurora muore, uccisa da Abraham per motivi di gelosia, ma quest'ultimo convince Moraes che il mandante è Fielding, e Moraes si vendica uccidendolo. Abraham tenta di coinvolgere il figlio nel suo più grande progetto, la costruzione di ordigni atomici per alcune nazioni produttrici di petrolio e i loro alleati ideologici, ma Moraes si rifiuta e Abraham esce di scena in un tripudio di esplosioni che sconvolgono Bombay.
Moraes lascia l'India diretto al villaggio spagnolo di Benengeli, per recuperare i dipinti della madre rubati da Vasco Miranda. Il pittore vive qui rinchiuso in una casa-fortezza, a cui solo due sorelle, Felicitas e Renegada, hanno accesso. Moraes entra in contatto con loro e viene infine introdotto nella casa travestito da donna, solo per scoprire che le due ragazze sono amanti di Vasco e in combutta con lui. Moraes viene imprigionato da Vasco che lo ritiene responsabile della "malvagità" di Aurora (di cui è stato innamorato respinto) e Abraham. Come Sharazade nelle Mille e una notte, Moraes può rimanere in vita solamente finché il suo racconto della saga dei Zogoiby mantiene sveglio l'interesse di Vasco, da cui ha appreso che è il padre il vero assassino della madre. Alla fine del romanzo Vasco "esplode" in un bagno di sangue, e Moraes fugge per finire di raccontare la sua storia prima di morire, riallacciandosi al punto in cui il romanzo era iniziato.